Ifølge MySQL dokumentation "dræb forbindelse thread_id" bør afslutte forbindelsen forbundet med det givne thread_id. Men det ser ud til, at det ikke sker (i så fald vil Java-tråden vente på et svar for evigt). Måske kan du bekræfte, at forbindelsen faktisk er lukket ved hjælp af et netværksværktøj (f.eks. netstat) .
Jeg er stødt på hængende MySQL-forbindelser før og måtte ty til at bruge socketTimeout JDBC-forbindelsesparameter (men vær forsigtig:socketTimeout skal være større end den tid, det tager at fuldføre den længst kørende forespørgsel). Du kan også prøve at bruge QueryTimeout for en udarbejdet redegørelse.