MySQL opretholder et enkelt sæt buffere til alle databaser. Med hensyn til præstationer er det lige meget, om tabeller er i forskellige databaser.
Din use case er grænseoverskridende, men ser ud til at være et rimeligt tilfælde for at aggregere data fra separate databaser.
Jeg ville dog være forsigtig med denne arkitektur. Hvis dine applikationer begynder at dele mere end blot nogle få tabeller, så spørg dig selv, om disse applikationer virkelig er forskellige applikationer eller rettere moduler af samme applikation. I sidstnævnte tilfælde ville det give mening for mig at have alle tabeller i én sigle-database.
Hvis du er bekymret for sikkerheden, skal du være opmærksom på, at de fleste adgangsrettigheder kan tildeles på en tabel (eller endda pr. kolonne) basis .