Der er sandsynligvis en måde at gøre dette på via MySQL, men den nemme (og pålidelige) måde er at bruge PHP's microtime funktion, som returnerer den aktuelle tid som millisekunder.
Nogle eksempelkode:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds