Den største ulempe er query bias. Fænomenet, at sådanne databaser har en tendens til at blive designet med en bestemt type forespørgsel i tankerne, og viser sig at være svær at håndtere, når andre forespørgsler skal skrives.
Antag, at du har studerende og kurser, og du modellerer alt det, så du i en enkelt række i en enkelt tabel kan sige "John Doe tager {fransk, algebra, relationsteori}" og "Jane Doe tager {tysk, funktionel Computing, Relationel teori}".
Det gør det nemt at spørge "hvad er alle kurserne efterfulgt af ...", men prøv at forestille dig, hvad der skal til for at få svaret på "hvad er alle de studerende, der følger Relationel teori".
Prøv og forestil dig alle de ting, systemet selv burde gøre for at give en sådan forespørgsel (hvis det var muligt at skrive det) en chance for at udføre rimeligt ...