Du har faktisk også en tredje mulighed :key: "" (tom værdi)
Og du glemmer en specificitet omkring null-værdi.Forespørgsel påkey: null vil hente alle dokumenter, hvor nøglen er null eller hvor nøglen ikke findes.
Når en forespørgsel på $exists:false vil kun hente doc, hvor feltnøgle ikke findes.
For at gå tilbage til dit præcise spørgsmål afhænger det af dine forespørgsler og hvilke data der repræsenterer. Hvis du har brug for at beholde det, f.eks. indstiller en bruger en værdi og fravælger den, skal du beholde feltet som null eller tom. Hvis du ikke har brug for det, kan du fjerne dette felt.