Du har brug for SHOP på VENSTRE side, da højre side er den, der muligvis ikke har data, i dette tilfælde PRODUCT.
Ikke nok med det, du har brug for WHERE-tilstanden som en LEFT-JOIN ON-tilstand, så den slutter sig til produkter på statustilstand og bare giver rabatter på produktet (mens du holder butikken), selvom status ikke er ønsket.
select s.name
, p.name
, count(p.id)
from Shop as s
left join Product as p on p.shop=s.id AND p.status <> '8796107276379'
group by
s.id, p.name