Mit svar er sent, men det kan måske hjælpe fremtidige læsere.
Jeg har haft samme problem. Når du læser MySQL-dokumentation om MySQL-kommandomuligheder , jeg har fundet ud af, at du kan bruge --init-command parameter.
Så din kommandolinje vil ganske enkelt være:(-v for verbose og er valgfri)
mysql --init-command="SET autocommit=0;" -v < sql_file.sql