Ud over kommentarerne fandt jeg en anden grund, der kunne forårsage problemet, at ingen skemaer er angivet:
Jeg støder på dette, mens jeg forsøger at oprette forbindelse til en anden database med andre skemaer end før.
Gå til Projekt -> Egenskaber -> JPA og deaktiver/fjern markeringen af Tilsidesæt standardskema fra forbindelse
Hvis der er valgt et skema, som ikke findes i den valgte database, vil der ikke blive vist nogen skemaer, når entiteter oprettes. For mig var problemet, at Eclipse prøvede at vise et skema fra databasen før.