Løsningen i sidste ende var enkel.
Eksporter fra MySQL 5.5. (eksportfilen er 114 GB)
Afinstaller MySQL 5.5 (fjern alle datafiler)
Installer MySQL 5.6
Importer data
Eksporter fra MySQL 5.6 (eksportfilen er nu 13 GB)
Afinstaller MySQL 5.6 (fjern alle datafiler)
Installer MySQL 5.6
Importer data