Jeg havde det samme problem for et par uger siden. Databasemappen på filsystemet var ejet af den forkerte bruger. En simpel chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name gjorde tricket!
Alt er forklaret her:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (det er italiensk, men det er ret tydeligt)
Skål