Du skal bare lave opdateringen på tværs af en join som denne
UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL
Der er ingen grund til at bekymre sig om nuller i dette tilfælde, da den indre joinforbindelse kun vil vælge rækker, hvor variant_id findes i begge tabeller.