Eller skift begge applikationer, så Java-appen virkelig er ejeren af MySQL-databasen og eksponerer den som en tjeneste. Du kobler de to apps på databaseniveau ved at gøre, hvad du foreslår.
Hvis du har én ejer af dataene, kan du skjule skemaændringer og lignende bag servicegrænsefladen. Du kan også gøre det muligt at have en publicerings-/subscribe-mekanisme til at advare interesserede parter om databaseændringer. Hvis disse ting er vigtige for dig, vil jeg genoverveje at lade et andet program få direkte adgang til MySQL.