Jeg havde det samme problem, da jeg opdaterede mysql-serveren fra 5.5 til 5.7 i Debian 8 (jessie). I sjældne tilfælde sker det sandsynligvis, hvis du opdaterer direkte uden om sekvenserne af versioner. (Mange mennesker gør dette, men sådanne opgraderinger understøttes ikke officielt). I mit tilfælde fungerede det fint, da jeg udførte kommandoen nedenfor:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Jeg håber, at dette vil hjælpe dig