Her er svaret, hvis nogen søger og finder siden.
Fejlen skyldtes, at gamle data var i browserens cache og i cookies. Jeg rensede min browsercache, slettede alle domænecookies og sessionscookies, og det forsvandt.
Jeg stødte på en forfærdelig fejl i konfigurationen af avancerede funktioner:
Build table scripts kræver oprettelse af tabeller med formen "pma__tablename", mens config-scriptet ønsker at indlæse tabeller med formen "pma_tablename". Forskellen er ikke umiddelbart synlig, men build-filens sql-script har to understregninger. PhpMyAdmin ville klage over, at tabellen allerede eksisterede og ville ikke bygge tabellen. Gjorde mig sindssyg, indtil jeg fandt et indlæg med denne effekt.
Jeg søgte efter "pma__" og erstattede alle med "pma_" og kørte scriptet til build-tabeller, og alt ordnede sig.
PhpMyAdmin 4.3.6 kører nu problemfrit på mit lokale system.
Beklager den falske alarm, men fejlmeddelelsen sendte mig i den forkerte retning.