Du kan gøre det ved at bruge positionsoperatoren "$[]" :
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows.$[]":{pName:"Test1" } } } )
men skemaet ser lidt mærkeligt ud, og efter opdateringen vil du have tomme arrays inde i arbejdsgange, hvis alle elementer blev slettet i underarrayet. For at rette de tomme underarrays skal du udføre en anden operation for at fjerne dem:
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows":[] } } )