For at opdatere et dokument skal MongoDB hente hele dokumentet fra disken (medmindre det allerede er i cachen), derefter mutere det i hukommelsen og skrive det tilbage til disken. Ændringerne skrives også til oploggen for replikering til de sekundære noder.
Efterhånden som dokumentstørrelsen vokser, vil dette tage længere tid for hvert dokument, og da hvert dokument bruger stigende plads i hukommelsen, vil cache-churn også begynde at tære på ydeevnen for ikke-relaterede forespørgsler.
Den maksimale dokumentstørrelse i MongoDB er 16 MB. Hvis dette dokument allerede er på 4 MB efter 10 minutter, skal det snart opdeles eller afbrydes.