Desværre er det ikke muligt at opdatere alle dokumenter i array nu - se MongoDB JIRA-billet Brug positionsoperator til at opdatere alle elementer i et array .
Du kan opdatere hvert dokument manuelt:
db.MyDB.find({}).forEach(function(doc) {
doc.myArray.forEach(function(item) {
if (item.b === true)
item.b = false;
});
db.MyDB.update({ "_id": doc._id }, { "$set": { "myArray": doc.myArray }});
});