Jeg havde præcis det samme problem. Det ser ud til at det er en ny.
Her er min forbindelsesstreng, der nu virker
mongoose.connect('mongodb://BRUGERNAVN :ADGANGSKODE @myShard -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017,myShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAVN ?ssl=true&replicaSet=myShard -shard-0&authSource=admin');
For at oprette en ny DB brugte jeg MongoDB Compass. Kopier forbindelsesstrengen fra Atlas-webstedet (den længere - 3.4 tror jeg), når du åbner mongodb-kompasset vil det genkende, at der er en forbindelsesstreng i dit udklipsholder (OSX) og vil tillade dig at udfylde forbindelsen for Compass med en enkelt klik. Du kan oprette en ny Database derfra (Klik på MyCluster øverst til venstre - derefter Opret Database. Indtast navnet på den nye db i det fed MYDBNAME i min forbindelsesstreng.
Det tog et par opdateringer at se nye data.
Jeg havde stort set den samme forbindelsesstreng som dig (db navn/shard forskellig osv.) - jeg var i stand til at POST, men ikke GET. POSTS skabte ikke fejl (men jeg kunne ikke finde data, jeg sendte) og GET afgav den samme fejl, som du fik.