Jeg er ikke bekendt med MongoDB specifikt. Generelt er åbning af en forbindelse til en database en relativt langsom operation og binder systemressourcer. Om dette er nok til at betyde noget i dit tilfælde, kan jeg ikke sige.
At have en forskellig db for hver bruger ville gøre det vanskeligt at udføre forespørgsler, der får adgang til data for flere brugere. Måske har du ikke behov for at gøre dette.
Alligevel vil jeg mene, at det generelt ville være meget enklere blot at sætte et bruger-id i hver post i stedet for at oprette en separat database. Hvad er gevinsten ved separate databaser? Okay, at slette en bruger betyder at sige "slip database". Men at slette en bruger fra en enkelt database burde betyde at sige "slet fra tabelX hvor bruger=?; slet fra tabel Y hvor bruger=?" osv. for uanset hvor mange relevante tabeller du har. Jeg kan ikke forestille mig, at det er hundreder, vel? Måske et halvt dusin linjer kode eller deromkring?