MapReduce overfører hvert dokument i en samling til kortfunktionen undtagen hvis du sender den {query:} mulighed, som den vil bruge til at "pre"-filtrere dokumenter sendt til MapReduce. Du kan også sende en {sort:}-indstilling til mapReduce, og den vil sende dokumenter til kortfunktionen sorteret på det eller de felter.
Det er de eneste to steder, hvor indekser vil blive brugt - derefter sker alt i den Javascript-tråd, der er skabt til arbejdet.