Takket være bertrand var jeg i stand til at finde ud af, at svaret ligger i 'Projection '. I mongodb er det '$ ', i mongoose dens select . Sådan fik jeg det til at fungere:
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Det returnerer kun det element, der matchede id'et angivet i venner.