Ud fra de angivne oplysninger ser det ud til, at du bruger mongodb 2.0-driver. Metoden db.collectionNames blev slettet. Tjek afsnittet "Db Object" på denne side - https://github.com/mongodb/node-mongodb-native/blob/0642f18fd85037522acf2e7560148a8bc5429a8a/docs/content/tutorials/changes-from-L3.0.
De har erstattet det med listCollections. Du bør få den samme effekt med:
mongoose.connection.db.listCollections().toArray(function(err, names) {
if (err) {
console.log(err);
}
else {
names.forEach(function(e,i,a) {
mongoose.connection.db.dropCollection(e.name);
console.log("--->>", e.name);
});
}
});