De tidligere svar virker ikke i MongoDB 3.4+. Den rigtige måde at gøre dette på i version 3.4 og nyere er at oprette et BasicDBObject og bruge det som parameteren Database.runCommand(). Her er et eksempel.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);