Et ObjectId er binært og fylder derfor mindre. ObjectId'er har også sorteringsfaktoren - de ender med at være i indsættelsesrækkefølge (eller meget tæt på), mens de forbliver unikke. Sorteringen kan være god til nogle ting, men uønsket for andre (såsom skærvernøgler). Du kan også udtrække tidsstemplet (anden opløsning) fra et ObjectId, hvilket kan være praktisk.
Bortset fra det, vil jeg sige, at der ikke er den store forskel.