Måske fik din markør timeout på serveren. For at se om dette er problemet, prøv at indstille timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Se http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Hvis det var et timeout-problem, er en mulig løsning at indstille batch_size (s. andre svar).