Jeg ved ikke, hvordan du importerer CSV'erne, men den måde, jeg ville gøre, er at skrive et script (php/perl) for at læse hver fil, runde op eller trimme tidsstemplet til sekunder og udføre INSERT-sætninger på DATABASE.
Noget lignende
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Udfør dette fra kommandolinjen, og det burde gøre jobbet