Det lyder som om du sandsynligvis ønsker at få en af databaserne til at fungere som slave for den anden, på den måde vil eventuelle opdateringer på masteren automatisk blive udbredt til slaven. MySQL-dokumentationen har ret mange detaljer om dette.
Hvis du ville være i stand til at lave opdateringer til en af databaserne og få dem replikeret til den anden, tror jeg det også er muligt at konfigurere MySQL til at bruge multi-master replikering.