To muligheder at overveje:
1) det nemmeste er at inkludere flere rækker af værdier på et indsæt. Dette er langt, meget hurtigere end at lave flere indlæg.
I stedet for at gøre INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals ) , gør noget som INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals ), ( vals ), ( vals )
Mængden af rækker, du kan indsætte på én gang, afhænger af den maksimale pakkestørrelse på mysql-serveren, men du kan sikkert lave 100, 1000, måske 10.000 rækker sikkert, og det burde give dig en ydelsesforøgelse af en størrelsesorden eller mere.
Se http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.5/da/insert-speed.html
2) INDLÆS DATAINFIL er lidt anderledes, kræver mere arbejde og har sine egne krav, men er meget meget hurtig.