Det ser ud til, at du overskriver dine lister i stedet for at tilføje dem, når du gør:
for site in sites:
items = [site.select('//h2').extract()]
item = [site.select('//h3').extract()]
meta = [site.select('//meta').extract()]
Jeg tror, du måske vil ændre det til:
for site in sites:
items.append(site.select('//h2').extract())
item.append(site.select('//h3').extract())
meta.append(site.select('//meta').extract())