Prøver lige her (ikke 100 % sikker), men har du prøvet at tilføje destinationskolonner som denne:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Du har tre kolonner i din tabel og leverer kun to data.