Ja, du kan bytte ind og ud motorer som brugt undertøj, hvis du vil, uden de store problemer. Du skal bare ændre det i phpmyadmin.
Men jeg ville ikke ændre det for at ændre det. Skal du bruge fremmednøgler? Ændre det. Har du brug for række-niveau-låsning i stedet for bord-låsning? Ændre det.
Det er værd at bemærke, at der også er gode grunde til at bruge MyISAM. Tag et kig på FULLTEXT-indeksering. Det kan du ikke med InnoDB.
OPDATERING
Fra og med MySQL 5.6 er FULLTEXT også blevet implementeret til InnoDB-tabeller. Her er manualen .