Prøv dette:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Har aldrig prøvet det med en opdatering af nøglekolonner som denne, men dette ville fungere for andre kolonner, så det er et forsøg værd.