Stop først MySQL (og sørg for, at der ikke kører nogen MySQL-processer), fjern ib_logfile*-filerne fra mysql-datamappen, og start derefter MySQL igen. Det vil derefter genskabe disse filer. Disse er kommandoerne:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Ovenstående flytter logfilerne til brugerens hjemmemappe, bare hvis vi skulle gendanne dem.