ENDELIG FIK DET!!!
Jeg gjorde følgende:
Window -> Preferences -> Java -> Build Path -> Classpath Variables
klikkede derefter på ny, indtastede et navn, klikkede derefter på filen og navigerede til mysql-stikket, og tryk så ok!!
Ikke helt sikker på hvorfor dette virkede, men når jeg gjorde stort set det samme, men for et individuelt projekt gjorde det ikke, men det virkede, og det er det vigtigste!!
Tak til alle der har svaret og tilbudt mig lidt hjælp. Det tog mig et stykke tid, men jeg nåede dertil til sidst!! :o)