Jeg ved, at du sikkert har opgivet et svar, men...
Jeg tror, du vil opdage, at det meste af den ekstra tid er at indlæse og kompilere PHP-scriptet. hvis din tidligere app var et apache-modul, så er den prækompileret og altid indlæst, sandsynligvis skrevet i c så meget hurtigt sammenlignet med PHP.
Prøv at bruge en php accelerator som eaccelerator. der bruger delt hukommelse og prækompilerede scripts til nogle gange dramatisk at forbedre ydeevnen af PHP-apps.
DC