Count returnerer en værdi, og du kan ikke tælle og derefter kalde mysql_num_rows. Det er enten det ene af det andet.
Du kunne gøre
$isExist = mysql_query("Select count(id) from ...");
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}
Hvis du alternativt kan udføre forespørgslen som:
$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}