Personlig mening:Du bør ikke bruge MyISAM til noget nyt. InnoDB understøtter et væld af funktioner, som MyISAM ikke gør, de vigtigste er transaktioner, efterfulgt af referenceintegritet og en masse andre elementer.
Mange mennesker vil forsøge at argumentere for, at MyISAM er hurtigere, og så det stadig har en plads, men a) det hul er lukket betydeligt, og speedups kan udføres uden for databasen (dvs. memcached osv.), og b) en hurtig database med dårlige data er ikke så nyttigt.