Jeg er ikke en MySQL-ekspert, men bruger Tomcat JDBC med Oracle i et stykke tid. Inaktive forbindelser fortsætter her, så længe appen ikke er lukket ned. Jeg ville tjekke forbindelseslogfiler i MySQL og aktivere logning i Tomcat JDBC for at se, hvem der virkelig lukker forbindelser ned. Enten gør det.
