Den anden virker ikke, fordi du bruger tre pladsholdere inde i forespørgselsstrengen og angiver kun én variabel til interpolation.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
På denne måde forventer strengformateringsmekanismen ikke, at du angiver 3 værdier, da procenttegnene er "undgået" (skam mig for den første version af svaret).