Sammenkæd felter af rækker med det samme ID i MySQL

Du skal tilføje group by :

SELECT m.id, GROUP_CONCAT(distinct(g.loc)) 
FROM mutations m JOIN
    genes g
    ON m.id = g.id
GROUP BY m.id;

Undervejs bør du lære et par andre ting:

• Brug eksplicit join syntaks. En simpel regel:Brug aldrig kommaer i from klausul.
• Brug tabelaliasser (m og g ). De gør forespørgslen nemmere at skrive og læse.