Hvis du laver en UPDATE LOW_PRIORITY table ... du vil sørge for, at den kun udfører din opdatering, når den ikke gør noget andet. Udover det tror jeg ikke, der er mange muligheder inde i MySQL.
Giver det også problemer nu, eller optimerer du simpelthen noget, der ikke er et problem? Personligt, hvis jeg ville batchopdateringer som disse, ville jeg simpelthen indsætte alle ID'erne i memcached og bruge en cronjob til at opdatere hvert 5. minut.