Du spurgte om dette for længe siden, og så måske er dette ikke længere relevant for dig, men jeg vil inkludere en måde at gøre dette på her til gavn for andre.
I Workbench åbner du dine forbindelsesegenskaber. På fanen Forbindelse skal du vælge fanen Avanceret. Føj de følgende to muligheder til sektionen Andre (naturligvis ændre readDefaultFile-placeringen til placeringen af din my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=klient
Åbning af forbindelser skal nu læse klientafsnittet fra det my.ini efter behov.