Jeg formoder, at du bruger InnoDB (det burde du alligevel...)
Så læs det følgende kapitel fra High performance MySQL 2ed, s.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=IDV%b0dqu7=COPMBinn0%V%bcluddquAQC 20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
Generelt er UUID et dårligt valg ud fra et præstationssynspunkt (på grund af et klynget indeks), og de har et benchmark til at bevise dette.