I mit tilfælde optrådte denne fejl specifikt med tom geometriværdier i en ikke-nul geometrikolonne.
I mit tilfælde var de tomme geometrier legitime tilfælde af ukendt geometri, så jeg løste dette ved at ændre kolonnen for at tillade nulværdier og derefter køre UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Efter dette var jeg i stand til at køre mysqldump
igen og importere den resulterende sql til en separat database.
(For at være ærlig er jeg ikke sikker på, hvordan de tomme geometriværdier kom dertil i første omgang - jeg kender ikke engang syntaksen til at skabe en tom geometriværdi)