MySQL:Gruppér efter og tæl flere felter

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

Bare tilføj service_id til din group by og select liste. Det burde gøre det.

REDIGER -

Ifølge kommentar fra @Rajah det ser ud til, at du skal bruge

order by project_id asc, service_id asc