[mysql] gælder for mysql-kommandolinjeklienten - [mysql og klientindstillinger]
[klient] gælder for alle tilsluttede klienter (inklusive mysql cli) - [mysql og klientindstillinger]
[mysqld] gælder for mysql-serveren - [serverindstillinger]
[mysqldump] gælder for værktøjet af samme navn - [mysqldump-indstillinger]
...osv
Forskellen mellem (-) og (_) er den kontekst, den bruges i.
(-) bruges i kommandolinjeparametre, hvor (_) bruges i optionsfilparametre.
Du kan se mere i dokumenterne:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.5/en/option-files.html