Fejlen er meget tydeligt forklaret i advarselsmeddelelsen, den ignorerer din my.cnf
.
Prøv at udføre følgende, og genstart derefter serveren
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Dette vil sætte ejeren af filen til mysql og tilladelserne 600 vil kun give brugeren mysql adgang til at læse og skrive til filen, vil det forhindre adgang til alle andre brugere.