Ifølge et af svarene til dette spørgsmål, kan dit problem være forårsaget af ændringer i MySQL 5.6 (se InnoDB-bemærkningerne om http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):
Hjælper det, hvis du ændrer innodb_log_file_size til noget større end 50M? (At ændre denne variabel kræver nogle trin for at fungere korrekt: