Det gør mærkelige ting, fordi der er et krydsprodukt af visse rækker. Du kan bruge DISTINCT søgeord for kun at få unikke telefonnumre:
GROUP_CONCAT(DISTINCT phones.phone_number) AS phone_numbers,
Tjek dokumentationen
. Alternativt kan du få telefonnumrene i en anden forespørgsel, hvor du kun vil vælge telefonnumre med en betingelse som WHERE phones.user_id IN (x, x, x, ...) (x er ID'er returneret fra den første forespørgsel).