Du kan bruge SET delen af LOAD DATA INFILE, og du behøver ikke 0x escape-ting:
1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff
Og så tildeler du kolonnen til en variabel og indstiller derefter kolonnen til den UNHEXed version af den variabel:
LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)